В GitHub используется плагин jacoco для подсчета, и у него свои настройки. И насколько я понимаю значения, которые выдает Idea могут не совпадать с Jacoco.

Вот как можно получить jacoco отчет, в терминале в IDEA выполнить команду:

`mvn -P coverage clean package jacoco:report`

А дальше в папке target/site открываем файл index.html. Это и будет отчет от jacoco, по нему уже можно понять что не так

![](screen%202%20(1).png)