Для изоляции и управления ресурсами контейнеров активно используется [cgroup](../../dev/linux/Control%20group.md). Так же для изоляции активно используется [Namespace](../../dev/linux/Namespace.md). Все это функционал ядра Linux, поэтому не оказывает сильного влияния на производительность. Однако, нужно быть осторожным при работе с диском и сетью. С сутью больше всего проблем, например при запуске nginx можно получить просадку в 5%.